Sebelum menjadi masjid, Hagia Sofia adalah gereja umat Kristen Timur yang dibangun oleh Constantius, putra Kaisar Constantine Agung. Gereja ini sering jatuh bangun dihantam gempa. Meski bangunannya dibuat berbentuk kubah biar tahan gempa, tapi tetep aja KO. Pada tanggal 7 Mei 558 M, di masa Kaisar Justinianus, kubah sebelah timur runtuh terkena gempa. Pada tanggal 26 Oktober 986, pada masa pemerintahan Kaisar Basil II (± 958-1025), kena gempa lagi.
Ketika Konstantinopel jatuh ke tangan tentara Islam di bawah pimpinan Sultan Muhammad II bin Murad II Turki Usmani (yang terkenal dengan julukan ‘al-Fatih’ alias sang penakluk) pada tanggal 27 Mei 1453. Ketika memasuki kota itu, al-Fatih turun dari kudanya dan melakukan sujud syukur kepada Allah swt. Lalu beliau pergi ke Gereja Hagia Sofia dan memerintahkan untuk mengubahnya menjadi Masjid yang terkenal dengan nama Masjid Aya Sofia. Nama Konstantinopel pun beliau ganti menjadi Islam Pol (Kota Islam) yang ucapannya bergeser menjadi Istambul.
Setelah kekhilafahan Turki Usmani kalah pada Perang Dunia I, pasukan sekutu menguasai Istanbul pada tahun 1922 M. Bangunan kuno Aya Sofia yang hampir lima abad dijadikan masjid, diubah menjadi museum oleh penguasa baru Turki, Mustafa Kemal Ataturk (Bapak moyangnya Republik Sekuler Turki). Dan memindahkan ibu kota Turki dari Istambul ke Ankara.
sejak saat itu, masjid aya Sofia dijadikan salah satu objek wisata terkenal oleh pemerintah Turki di kota Istambul. Nilai sejarahnya tertutupi oleh gaya arsitektur Byzantium yang indah mempesona. Inilah salah satu upaya musuh-musuh Islam untuk menghilangkan jejak kejayaan Islam. Padahal, dulu Sultan Muhammad al-Fatih hanya didukung oleh 265 orang untuk menaklukan kota Byzantium alias Konstantinopel bin Istambul yang menjadi pusat kekaisaran Romawi Timur.
